SMA Negeri 3 Depok pada awalnya (Tahun Pelajaran 1986/1987) merupakan filial dari SMA Negeri 1 Depok yang berlokasi di Jalan Nusantara Raya No. 317 Depok, terdiri dari 3 kelas, waktu sekolahnya siang hari dengan Kepala Sekolah Drs. Rohandi Natadipura (Kepala SMAN 1 Depok).
Pada Tahun Pelajaran 1988/1989 SMA Negeri 3 Depok yang masih merupakan filial dari SMA Negeri 1 Depok mendirikan gedung belajar sendiri dengan hasil swadaya masyarakat (BP3) sebanyak 7 kelas yang berlokasi di Jalan Raden Saleh/Studio Alam TVRI Depok. Pembangunan gedung sekolah terus berlanjut dengan bantuan dari pemerintah dan orang tua siswa.
Memasuki Tahun Pelajaran 1989/1990 seluruh kegiatan/aktivitas belajar mengajar dipindahkan ke gedung yang baru. Tanggal 20 September 1990 SMA Negeri 3 Depok diresmikan menjadi sekolah yang mandiri yang di pimpin oleh kepala sekolah Drs. Wargono dari SMA Negeri 3 Bandung dengan lokal sebanyak 18 kelas (kelas I, II dan III masing-masing 6 kelas).
Kepala Sekolah Yang Pernah dan Sedang Memimpin SMA Negeri 3 Depok